故事是这样的寂静岭牧羊人溪谷是150年前由寂静岭教会分离出来的4个人一手创办的，然而这惹怒了寂静岭教会，因此他们必须每50年奉献从这4个家庭中的4个孩子上去，而游戏中一切罪恶的根源都是来自Alex【主角】，是Alex酿成了这一起又一起的悲剧，一切的一切都是从他害死弟弟Joshua那天开始的。
Alex本来就是作为Shepherd家族给寂静岭教会的神的贡献品，父亲为了不因此失去儿子而无法传宗接代Shepherd家族，所以又把弟弟Joshua带来了世上。
父亲平时对Joshua恩爱有加,而对Alex则非常地冷漠，为的是让儿子恨他，自己也不会爱的太深，以至于到时候舍不得而带来灾祸..所以Alex在家中备受冷漠，（这在调查Alex家中的时候可以看出，Alex家里的墙上摆着不少家里的照片，但没有一幅照片中有自己的，全部都是父母亲和Joshua的照片）而因此十分嫉妒弟弟，尤其是那天晚上从弟弟那里拿到家传戒指的时候。
由于害死了弟弟，父亲只不得不保住这最后一个儿子，在正逢牧羊人溪谷150周年之际，把Alex送到了精神病院，还把自己曾是战士时候的狗牌给他，让他以为自己是一名真正的士兵，为的是躲过这一劫~谁知道Alex从医院中逃离了出来，乘坐卡车回到了牧羊人溪谷，但这里的一切已经变了样，镇子上几乎找不到一人，后来不断探索才发现这是寂静岭教会对牧羊人溪谷的报复~~导致另外三个家族也因此让自己儿女的白死了..儿女们的怨恨更是幻化成为了骇人的怪物全游戏就是围绕这个主题然后分里外世界展开~外世界是正常的里世界的布置和外世界一样但道路满地是血墙是铁皮不说还让人感觉到血腥和阴冷
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教主克里斯塔贝拉继续煽动试图烧死莎伦，就在千钧一发之际露丝回来了。
她看到眼前的一切大声质问：你们究竟在做什么？我来自一个充满生机的世界，而你们却连自己都否定，根本没有什么大灾难。
你们将自己投入火焰却无法得到拯救，因为你们注定要灭亡。
烧死这个女巫，烧死我，烧死你们所害怕的所有人，这就是你们的答案。
她引导你们烧死无辜之人，让纯洁之心变得黑暗，你们是有罪的人。
气急败坏的教主迫不及待地想用火烧死她，一刀刺中了露丝，但露丝的伤口并没有流出血液。
在露丝的帮助下阿丽莎终于进入了教堂，复仇的时刻终于到来，以一种侮辱性的方式对待教主，最后将他撕成碎片。
露丝终于找到了萨沙，她紧紧地抱住自己的孩子蒙上眼睛不要看，莎伦和阿丽莎的目光相遇，复仇完成了。
一切都结束了，教堂里的人都被消灭了，唯独剩下阿丽莎的圣母恶魔不伤害她，信仰狂热的宗教人士唾弃她，她成了最后一个幸存者，最可怜的人。
为什么阿丽莎不和她一起复仇？因为母亲是孩子眼中的上帝。
露丝与莎伦回到自己的车上，启动车子离开了寂静岭。
回到家露丝坐下来，看样子她永远回不去现实世界了。
露丝的丈夫克里斯托夫突然感觉到身后有人，家里的门也打开了，他以为是露丝回来了，但门外和屋内只有他自己。
自此他们一家三人就只能在同一屋檐下过两个世界的生活了。
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