主线流程篇故事从张翠山夫妇回到中原，张无忌被玄冥二老虏走开始。
张无忌被关在武当山下的屋内，调查屋子的门离开小屋，然后从地图右上的出口上武当山（山道上的战斗输赢都可以继续发展剧情）。
武当山上上演张翠山夫妇自刎剧情，张无忌在大殿内因寒毒发作晕厥。
两年后，无忌醒来先去紫霄殿内殿找张三丰，对话后去找宋远桥、俞莲舟、张松溪让他们传授武功，分别会获得梯云纵秘籍、六和劲秘籍、武当长拳秘籍和小擒拿手秘籍（有了秘籍才可以进行冲脉修炼）。
随后再去找张三丰，他会带无忌上少林求取九阳神功秘。
前往少林的路上发生的战斗让张三丰打头可以轻松解决所有敌人，但是在少林寺三大神僧断然拒绝了张三丰的请求。
无奈之下张三丰只得带无忌返回武当，途中经过汉水时救下常遇春，常遇春为报答救命之命决定带无忌去蝴蝶谷找胡青牛医治，而同时救下的周芷若则由张三丰带回武当。
在蝴蝶谷，胡青牛拒绝为无忌医治，常遇春被打伤。
无忌与小童对话知道在毒花林和百草林能找到何首乌、紫河车、大黄制成紫雪宝丹才能救常遇春。
两个林子里的怪物只要学会了武当九阳功和小擒拿手就不难对手。
成功地拿到需要的物品再回去医治常遇春。
又过了两年，无忌遇到了纪晓芙等人上门求医。
无忌先为她稍加诊治，随后再去请示胡青牛，胡青牛不治非明教底子，但是无忌会以巧妙的方法套出药方，随后在百草里和毒花林里找到药材桃仙、大黄、五味子、五灵脂、熊胆、玉蜜蜂浆便可让小童配药。
但是当晚发现有人在药里下毒，次日与纪晓芙商议后得知是金花婆婆害了这些门派的人，胡青牛得知此事赶去救王难姑，按照胡青牛的药方救下王难姑就会发生胡青牛讲述与王难姑前尘往事的剧情，之后金花婆婆来到，在无忌的帮助下，金花婆婆飒羽而归，无忌因此获得了医经与毒经。
灭绝师太来到蝴蝶谷要纪晓芙去杀杨逍，纪晓芙宁死不从而遭灭绝杀害。
她临终前让无忌带着杨不悔去昆仑山坐忘峰找杨逍。
去昆仑山途中遇到中毒的詹春与苏习之，找到南星就可以给他们解毒。
地图下方有一个郎中，从他那里买得南星，给两人解毒后会结伴同上昆仑山。
见到何太冲后知道它的爱妾五姑重病求医。
无忌诊断其病需要灵脂兰。
在房屋边上打一条蛇就可得灵脂兰，随后何太冲设宴款待，但是宴席上的酒却有毒。
无忌保护杨不悔巧妙地逃出了昆仑派，在山脚下何太冲夫妇前来追杀，杨逍及时出手相救，这样杨家父女得以团聚。
在告知杨逍纪晓芙之死真相后，无忌离开昆仑山。
无忌在返回途中迷路，在出口打倒一条狗救下小猴子，但无忌受伤昏倒。
醒来后发现身在朱武连环庄，去大殿见到卫壁和武婴前来拜年，随后无忌偷听众人谈话，但却因为笑出声而被迫动手，获胜后朱长龄前来维护无忌，随后嘱咐朱九真照顾无忌。
次日假冒金毛狮王的人来朱武庄生事，无忌将其识破并说出自己的真实身份。
就在众人要与无忌一起准备前往冰火岛的时候，某日晚无忌跟踪朱九真发现了他们欲借无忌之手夺取屠龙刀的阴谋，无忌被迫在大殿与朱长龄决战，在逃离朱武庄时与朱长龄一起跌落悬崖。
醒来后无忌身在惊神峰山谷，打倒白熊后发现一只死亡的白猿。
再其肚子里发现了《九阳真经》。
随后就开始修炼此功，功成之日再去找朱长龄，但是无忌却被朱长龄设计摔断了双腿。
在一村庄内无忌遇到了蛛儿。
此时无忌化名曾阿牛。
不久一群人来找蛛儿寻仇，无忌暗中出手击退众人。
就在蛛儿要带无忌离开山谷的时候却遇到了灭绝师太，灭绝将二人带到了大漠，在灭绝与明教的交手中，无忌挺身而出接下灭绝三掌。
但是蛛儿却在关键时刻被韦一笑掳走，无忌赶紧追了上去，但是韦一笑没追到却在大漠边缘见到了布袋和尚说不得。
之后无忌被他装入乾坤袋带去了光明顶议事厅，明教精英尽在于此。
但是所有人均被成昆偷袭，无忌及时出手击退成昆，并追着他进入了明教密道。
在密道内无忌见到了杨不悔和小昭，杨不悔赶去了议事大厅，而无忌与小昭继续追成昆，可是两人中了陷阱。
在寻找道路的时候无忌在练功室获得了乾坤大挪移心法（注意，按剧情需要修炼此功才能离开密道，但是游戏里不需要修炼即可离开）。
之后需要在不同的房间内切换才能走出去，光明顶密道32个房间对应如下：少阴主间少阳主间太阴主间太阳主间讼之间：5号门无妄之间：2号门旅之间：4号门中孚之间：6号门_之间：4号门同人之间：1号门否之间：7号门大有之间：9号门困之间：4号门屯之间：7号门蹇之间：1号门小畜之间：4号门鼎之间：1号门噬嗑之间：0号门谦之间：8号门泰之间：1号门解之间：2号门复之间：5号门豫之间：5号门覆之间：0号门师之间：7号门既济之间：6号门_之间：6号门_之间：8号门井之间：8号门离之间：9号门艮之间：9号门干之间：9号门坎之间：9号门明夷之间：4号门坤之间：0号门归妹之间：7号门在以房间内获得火系装备是对付密道的火骷髅的有效道具。
在讼之间灭掉癫狂骷髅，小昭就会告诉无忌离开的方法，按照小昭的提示最后会进入大石室，无忌推开石门即可离开。
赶到圣火坛发现六大派已经开始与明教开战，无忌出手与六大派高手一一对战，胜利后在光明顶议事大厅无忌被推举为新的教主。
这时忽然得报有大量敌人来犯，因为明教此时元气大伤，无忌令所有人全部退入密道内。
解决光明顶之危，无忌与杨逍父女，以及无散人一同前去冰火岛迎接谢逊。
在山下众人遇到了受伤的殷梨亭，看似少林武功所伤。
查寻真相时众人被请入绿柳山庄，在众人觉得不对劲而离开山庄途中全部中毒，无忌回山庄找赵敏索取解药时困在了地下迷宫内，在迷宫内找到赵敏后费了九牛二虎之力才让赵敏交出解药并离开地下迷宫。
无忌带着解药救下教众，返回山庄时却发现山庄已经被烧毁。
随后众人来到少林，在寺内却发现18座罗汉像后被刻了明教欲称王武林的字样，无忌知道武当定会遭人袭击，赶紧率众人一起赶去武当山。
在武当山下韦一笑独自抵挡拦路之人，而无忌先行进入了武当山化装成了一小道童。
张三丰受到空相透析而受伤，碍于形势张三丰将太极拳传授俞岱岩。
随后在大厅见到了赵敏一行人。
无忌以武当弟子身份出手击退三大高手，之后为得到黑玉断续膏前往少林。
少林寺山下，跟踪蒙古兵，击败他们的百夫长就可以得到黑玉断续膏，但是回到武当才知道这黑玉断续膏是假的，殷梨亭与俞岱岩双双出现中毒现象。
赵敏此时出现，以要求张无忌答应自己三件事为条件来换取无忌两位师叔的性命。
在得知朱元璋与徐达等人被囚于大都城万安寺时，无忌与杨逍、韦一笑赶紧来到大都，在客栈休息，当夜发现有人窥探，原来此人是范遥，他告诉了众人武林各派人士均身中十香软筋散之毒，而解药则在玄冥二老身上。
返回客栈时遇到了赵敏，在一起就餐的时候无忌答应带赵敏前去冰火岛一看屠龙刀。
这时万安寺方向传来信号。
无忌赶了过去，进入塔内按照6、8、10、12、14、16楼的顺序救下被关的武林人士。
在16楼发现灭绝的时候，这个老尼姑怎么也不肯要张无忌的解药，无忌施计让灭绝服下解药，随后击败玄冥二老后无忌带众人上到塔顶。
灭绝因为不肯接受无忌恩惠而被玄冥二老所杀。
塔的火势兴起，无忌击败玄冥二老后，明教因为救下众门派而得以与武林正道化敌为友。
无忌来到客栈找赵敏。
会面后听到峨嵋派的哨音，赶去发现原来是丁敏君要与周芷若争夺掌门之位而起争执。
金花婆婆出现后周芷若为救峨嵋服下毒药，赵敏觉得事有蹊跷而跟随在一行人之后。
跟着金花婆婆一直走到港口，金花婆婆的目的地是冰火岛，但是中途却转向了灵蛇岛。
果然，谢逊已经被金花婆婆带到了灵蛇岛上。
谢逊在解决了丐帮陈友谅的偷袭后，金花婆婆想借其宝刀对抗倚天剑。
无忌在殷离要被金花婆婆偷袭时出手相救，就在无忌与金花动手之时，波斯三使来到，命谢逊杀了金花，一番功夫拜托了波斯三使的追击，回到船上检查殷离与赵敏的伤势，就在无忌与谢逊相认之时，波斯人再次追到，所幸有浓雾出现让让众人逃离了追杀。
这时候谢逊道出了金花婆婆是紫钐龙王黛倚丝之事。
不久波斯人追了上来，战斗之后无忌抓了对方的常胜王，要求波斯人以黛倚丝作为交换条件。
之后小昭决定回波斯明教接任明教教主一职。
视频介绍
韩林儿，祖祖辈辈都是白莲教教徒，靠着烧香拜佛妖言惑众。
元朝末年，父亲韩山童放出谣言，谓“天下当大乱，弥勒佛下生”。
信众特别多。
刘福通等人再次造谣，说韩山童是宋徽宗八世孙，当主中国。
于是杀了白马黑牛，对天发誓准备起兵，以红巾为号。
没想到事情败露，刘福通跑了，韩山童被镇压了。
韩林儿和母亲杨氏跑到武安山避难。
刘福通起兵之后，徐寿辉，布王三，孟海马，芝麻李，郭子兴等一起起事，时皆谓之“红巾军”，亦称“香军”。
刘福通找到韩林儿之后，就让韩林儿当了皇帝，号称小明王，建国号宋，建元龙凤。
韩林儿就是一傀儡，事权一归福通。
宋军声势浩大，打的元兵无力招架，直逼大都，顺帝征四方兵入卫，议欲迁都避其锋，大臣谏乃止。
大宋国虽然形势一片大好，可是韩林儿本起盗贼，素无大志，又听命刘福通，徒拥虚名。
所有在外打仗的将领他都指挥不了，这些起义军所过焚劫，至啖老弱为粮，连刘福通都管不了。
所以虽然人多势众，但是威令不行。
直到元庭重用察罕帖木儿，大宋军的好日子也就到头了。
被察罕帖木儿各个击破，刘福通带着韩林儿跑路避难。
没过几年，察罕帖木儿被部下刺杀，部队归他的侄儿扩廓帖木儿指挥，也就是非常出名的王保保。
王保保更是战神级别的人物，刘福通更不是对手，带着韩林儿困守孤城，张士诚也趁火打劫，要杀韩林儿，韩林儿就向朱元璋求救，朱元璋亲自带人去把韩林儿救了出来，但是刘福通已经战死。
第二年，朱元璋称吴王。
又过了两年，朱元璋派廖永忠迎林儿归应天，至瓜步，覆舟沉于江。
韩林儿当了十二年傀儡皇帝。
这里有个问题，朱元璋为何要救韩林儿。
当年明月说朱元璋救韩林儿是一招臭棋，差点被陈友谅抄了后路，救回韩林儿也没啥用，本来他想挟天子以令诸侯，可是却弄回一个烫手的山芋，最后只好派人暗杀了韩林儿，可谓吃鸡不成蚀把米，其实这是当年明月不懂韩林儿是什么身份。
韩林儿自称小明王，明王是摩尼教在民间的代言人，摩尼教也就是明教，金庸先生倚天屠龙记里面张无忌是明教教主，其实韩林儿就是张无忌的角色。
明王是整个明教教众的精神领袖，而朱元璋得到韩林儿，就是为了得到韩林儿头上明教教主也就是小明王的头衔。
刘福通为何能够支持到最后一刻，为何全国的起义军都听韩林儿指挥，就是因为韩林儿头上的小明王头衔。
而并非他的大宋皇帝称号。
直到韩林儿死的前一年，也就是朱元璋称吴王的那一年，朱元璋的军队打的都是明王的旗号。
就是说韩林儿是在把自己明王的头衔让给朱元璋之后才被朱元璋杀掉的。
金庸倚天屠龙记里面朱元璋逼张无忌让出教主之位，说的就是这事。
所以朱元璋救了韩林儿，可谓赚大了。
参考书目《倚天屠龙记》《明史》
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